Zmiany przepisów spowodują, iż niezależna dotychczas instytucja zostanie zmieniona na jednostkę budżetową. Oznacza to, że każdy dochód będzie trafiał do ministerstwa finansów, a nie jak dotąd - na rachunek dochodów własnych. To bardzo poważne zagrożenie dla COBORU i instytucji z nią powiązanych.

Zaistniałe zmiany w bardzo szybkim czasie odbiły się echem w sejmowych kuluarach, co skłoniło Komisję Rolnictwa do złożenia nowego projektu ustawy mającej na celu stworzenie COBORU agencją wykonawczą. W ten sposób nie straci ona swojej swobody działania oraz możliwości dotacji z budżetu państwa, a także osiągania zysków z własnych usług. Twórcy projektu ustawy mają nadzieję, że zostanie on szybko przyjęty i wprowadzony z dniem 1 stycznia 2011 roku.