Choroba ta pojawia się na różnych częściach rośliny oraz we wszystkich etapach rozwojowych rzepaku. Czerń krzyżowych najszybciej rozwija, gdy jest wysokie stężenie wilgotności powietrza zwłaszcza w okresie wykształcania łuszczyn rzepaku oraz jego dojrzewania.

W związku z tym zaleca się użycie właściwych środków ochrony roślin w momencie przekroczenia progu szkodliwości ekonomicznej. Dlatego też należy zareagować kiedy na jesieni rośliny będą miały już 4-8 liści, a na niemalże 20-30 procentach roślin pojawią się plamy wywołane przez czerń krzyżowych.

Natomiast wiosną kiedy rzepak zacznie wegetować i będzie na etapie rozety, a choroba zaznaczy swoją obecność na blisko 20-30 procentach liści oraz na etapie tworzenia łuszczyn w przypadku 10-15 procent porażonych liści.